În vara lui 2009, la nici 33 de ani, fostul jucător de la FC Drobeta, Universitatea Craiova, Dinamo Bucureşti şi Şahtior Doneţk îşi începea cariera de antrenor în Liga a III-a din România, la Minerul Mehedinţi. După doar câteva luni de la debutul pe banca tehnică, Stoican atingea, cu echipa din judeţul natal, şaisprezecimile de finală ale Cupei României, de unde era eliminat, la loviturile de departajare, de prim-divizionara, de atunci, Internaţional Curtea de Argeş. Ajuns între timp la alt nivel, Flavius Stoican nu a rămas indiferent la situaţia pe care o traversează prima echipă pe care a antrenat-o. După ce de-abia a reuşit să încheie turul, Minerul Mehedinţi a rămas fără niciun ban în cont şi nu ştie dacă se va mai reuni.
Pentru mine, Minerul Mehedinţi rămâne în suflet. La această echipă mi-am început meseria de antrenor şi nu am un sentiment plăcut când aud că s-ar putea desfiinţa. E trist ce se întâmplă. Eu cred totuşi că lucrurile se pot regla în această iarnă. Ar fi bine să se găsească soluţii, fiindcă în prezent Minerul e singura echipă care menţine Mehedinţiul pe linia de plutire.
A declarat Stoican, la RTS
Voia să împrumute câţiva jucători de la Dinamo II
Acesta a dezvăluit că în vară, pe când era antrenor la Dinamo Bucureşti, vorbise cu oficialii Minerului despre un posibil parteneriat, prin care urma să împrumute la malul Dunării câţiva jucători de la echipa a II-a a «câinilor roşii», aflată tot în Liga a III-a, dar în seria a III-a.
Chiar înainte de începerea campionatului, am avut o discuţie cu oficialii Minerului, care doreau ca echipa să atace promovarea. Acum, constat că lucrurile sunt cu totul altele. Păcat că s-a ajuns aici, fiindcă Severinul are un stadion superb şi a dat fotbalişti importanţi la echipa naţională. Sper ca şi pe viitor să mai avem jucători la acest nivel, dar asta necesită unele investiţii în tineri, lucru care momentan nu se întâmplă. Dacă nu au echipe locale la care să joace după încheierea junioratului, nu pot face pasul spre Liga I.
A precizat Stoican
După ce, timp de un sezon, şi-a făcut ucenicia la Minerul Mehedinţi (C), fostul fundaş dreapta al echipei naţionale a mai antrenat CSM Şcolar Reşiţa (C), Dinamo II Bucureşti (C), Chindia Târgovişte (B), CS Mioveni (B) şi Dinamo Bucureşti (A), de ultima echipă despărţindu-se în urmă cu două luni.